Великая Княгиня очень много размышляла о вере, пытаясь найти истину, читала книги в уединении (вообще она тяготилась светскими развлечениями), молилась Господу о вразумлении. В 1888 году Сергею Александровичу было поручено быть представителем Российского Императора на освящении храма святой равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании. Елисавета Феодоровна поехала вместе с ним, радуясь возможности на Святой Земле помолиться о том, чтобы Господь открыл ей Свою волю. Увидев этот храм, она сказала: «Как я хотела бы быть похороненной здесь».
Постепенно она пришла к твердому решению принять Православие. Она писала отцу, который с острой болью воспринял этот ее шаг: «Вы должны были заметить, какое глубокое благоговение я питаю к здешней религии. Я все время думала и молилась Богу о том, чтобы Он указал мне правильный путь, и пришла к заключению, что только в этой религии я могу найти всю настоящую и сильную веру в Бога, которую человек должен иметь, чтобы быть хорошим христианином. Это было бы грехом – оставаться так, как я теперь, – принадлежать к одной церкви по форме и для внешнего мира, а внутри себя молиться и верить так, как и мой муж. Вы не можете себе представить, каким он был добрым, он никогда не старался принудить меня никакими средствами, предоставляя все это совершенно одной моей совести. Он знает, какой это серьезный шаг и что надо было быть совершенно уверенной, прежде чем решиться на него».
«Эта перемена религии многих, я знаю, заставит поднять крик, но я чувствую, что это приблизит меня к Богу. Я знаю все ее догматы и буду с радостью продолжать их изучать. Ты называешь меня несерьезной и говоришь, что внешний блеск церкви очаровал меня. В этом ты ошибаешься. Ничто внешнее не привлекает меня, и не богослужение, но – основа веры. Внешние признаки только напоминают нам о внутреннем. Я перехожу из чистого убеждения; чувствую, что это самая высокая религия и что я делаю это с верой, с глубоким убеждением и уверенностью, что на это есть Божие благословение».
Таинство Миропомазания было совершено 12 (25) апреля 1891 года на Лазареву субботу. Великой Княгине было оставлено прежнее ее имя, но уже в честь святой праведной Елисаветы, матери святого Иоанна Предтечи.
В 1891 г. Великий Князь Сергей Александрович был назначен генерал-губернатором Москвы. Его супруга должна была присутствовать на приемах, концертах, балах. Но не это приносило радость Великой Княгине, – ее душа стремилась к делам милосердия, она посещала больницы для бедных, богадельни, приюты для беспризорных детей, раздавала еду, одежду, деньги, желая всячески облегчить условия жизни несчастных.
В 1894 году сестра Елисаветы Феодоровны, Алиса, вышла замуж за Наследника Российского престола Николая Александровича, который вскоре стал Императором. В Православии она получила имя Александра.
В 1903 году Николай Александрович с Александрой Феодоровной и Сергей Александрович с Елисаветой Феодоровной были на Саровских торжествах в честь прославления великого русского святого, преподобного Серафима Саровского, которого всегда очень почитали.
В 1904 г. началась русско-японская война. Елисавета Феодоровна, имевшая уже хороший опыт благотворительности, стала одним из главных организаторов помощи фронту. Ею были устроены специальные мастерские, под которые были заняты все залы Кремлевского дворца, кроме Тронного. Тысячи женщин трудились здесь за швейными машинами и рабочими столами. Отсюда на фронт посылали продовольствие, обмундирование, медикаменты, подарки. На свои средства Великая Княгиня сформировала несколько санитарных поездов, устроила в Москве госпиталь для раненых, создала специальные комитеты по обеспечению вдов и сирот погибших солдат и офицеров. Она также организовывала отправление на фронт походных церквей со всем необходимым для совершения богослужения.
Однако русские войска терпели поражение за поражением. Политическая обстановка в России все более накалялась. Часто можно было слышать революционные лозунги, призывы к забастовкам. Появились террористические организации. Боевая организация эсеров приговорила к смерти Великого Князя Сергея Александровича. Елисавета Феодоровна знала, что ему угрожает смертельная опасность, она получала анонимные письма, в которых ее предупреждали, чтобы не сопровождала своего мужа, если не хочет разделить его участи. Но она старалась по возможности не оставлять его одного.
5 (18) февраля 1905 г. Сергей Александрович был убит бомбой, брошенной террористом Иваном Каляевым. Через три дня Елисавета Феодоровна приехала в тюрьму, где содержался убийца. Она сказала, что принесла ему прощение от Сергея Александровича и просила его покаяться. В руках она держала Евангелие и просила почитать его, однако Каляев отказался. Но все-таки она оставила в камере Евангелие и маленькую иконку, сказав: «Моя попытка оказалась безрезультатной, хотя, кто знает, возможно, что в последнюю минуту он сознает свой грех и раскается в нем». Затем Великая Княгиня обратилась к Императору с прошением о помиловании Каляева, однако прошение было отклонено.
С момента кончины любимого супруга Елисавета Феодоровна не снимала траур, держала строгий пост, много молилась. Ее спальня превратилась в монашескую келью: была вынесена дорогая мебель, стены были перекрашены в белый цвет. Великая Княгиня собрала все свои драгоценности и часть их отдала в казну, часть – родственникам, а часть употребила на постройку Марфо-Мариинской обители милосердия.
Она долго работала над уставом обители, желая возродить древний институт диаконисс, ездила в Зосимову пустынь, чтобы обсудить проект со старцами. В 1906 г. Великая Княгиня Елисавета познакомилась со священником Митрофаном Сребрянским, человеком высокой духовной жизни, который принял активное участие в составлении устава обители и стал ее духовником, так как соответствовал всем высоким требованиям. «Для нашего дела отец Митрофан – благословение Божие», – говорила Елисавета Феодоровна. (Отец Митрофан Сребрянский прославлен в лике Новомучеников и Исповедников Российских).
В основу Марфо-Мариинской обители милосердия был положен устав монастырского общежития. Сестер обучали основам медицины, главной их заботой было посещение больных и бедных, оказание помощи брошеным детям.
В больнице обители работали лучшие специалисты. Все операции проводились бесплатно. При обители действовала бесплатная столовая для бедных, прекрасная библиотека, которой мог воспользоваться каждый желающий, был создан приют для девочек-сирот.
Елисавета Феодоровна вела жизнь подвижническую. Она спала на голых деревянных досках, тайно носила власяницу, вкушала только растительную пищу, много молилась, мало спала, однако всячески старалась это скрывать. Великая Княгиня всегда все делала сама, не требуя помощи от других, участвовала в делах обители как рядовая сестра. Она очень любила совершать паломничества по святым местам. По свидетельству знавших Елисавету Феодоровну, Господь наградил ее даром рассуждения, открывал ей и картины будущего России.
Она также продолжала заниматься благотворительной деятельностью и вне стен обители, посещать несчастных в разных больницах и приютах. Во время первой мировой войны Великая Княгиня занималась формированием санитарных поездов, устройством складов лекарств и снаряжения, отправкой на фронт походных церквей.
Первое время после октябрьского переворота обитель не трогали. Великая Княгиня, остро переживала происходящие страшные события, однако отказывалась от предложений выехать за границу, желая разделить судьбу своей страны, которую глубоко любила (в одном из писем она писала: «Всеми фибрами души я русская»).
В апреле 1918 г., на третий день Пасхи, в день празднования Иверской иконе Божией Матери, Елисавету Феодоровну арестовали и увезли из Москвы. С нею поехали две сестры – Варвара Яковлева и Екатерина Янышева. Их повезли в Пермь. Великая Княгиня писала сестрам: «Ради Бога, не падайте духом. Божия Матерь знает, отчего Ее Небесный Сын послал нам это испытание в день Ее праздника, Господь нашел, что нам пора нести Его крест. Постараемся быть достойными этой радости. Как угодно было Богу, так и сделалось. Да будет имя Господне благословенно навеки».
Последние месяцы своей жизни Великая Княгиня провела в заключении, в школе на окраине города Алапаевска. Она посвящала все время молитве. Сестер, сопровождавших свою настоятельницу, привезли в областной совет и предложили им идти на свободу, но они умоляли вернуть их к Великой Княгине. Тогда чекисты стали пугать их пытками и мучениями, которые предстоят всем, кто останется с ней. Варвара Яковлева ответила, что готова дать подписку даже своей кровью, что желает разделить судьбу своей настоятельницы.
Глубокой ночью 5 (18 июля), в день обретения мощей преподобного Сергия Радонежского, Великую Княгиню Елисавету Феодоровну вместе с другими членами Императорского Дома бросили в шахту старого рудника. Когда озверевшие палачи сталкивали Великую Княгиню в черную яму, она молилась: Господи, прости им, ибо не знают, что творят (Лк. 23; 34). Затем чекисты стали бросать в шахту ручные гранаты. Один из крестьян, бывший свидетелем убийства, говорил, что из глубины шахты слышались звуки Херувимской, которую пели страдальцы перед переходом в вечность.
Елисавета Феодоровна упала не на дно шахты, а на выступ, который находился на глубине 15 метров. Рядом с ней нашли тело Иоанна Константиновича, сына Великого Князя Константина Константиновича, с перевязанной головой. С тяжелейшими переломами и ушибами она и здесь стремилась облегчить страдания ближнего. Пальцы правой руки Великой Княгини Елисаветы и инокини Варвары оказались сложенными для крестного знамения. Скончались они в страшных мучениях от жажды, голода и ран.
Останки мучениц в 1921 г. были перевезены в Иерусалим отцом Серафимом, игуменом Алексиевского скита Пермской епархии, другом и духовником Великой Княгини, и положены в усыпальнице храма святой равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании. Погребение Новомучениц совершал Патриарх Дамиан. Мощи их оказались частично нетленными. Патриарх Иерусалимский Диодор благословил совершить торжественное перенесение мощей из усыпальницы в сам храм святой Марии Магдалины.
В 1992 г. Архиерейским Собором Русской Православной Церкви преподобномученицы Великая Княгиня Елисавета и инокиня Варвара были причислены к лику святых. Память их празднуется в день их кончины – 5 (18) июля.